Руководствуясь частью статьи 10 Федерального конституционного закона от 4 октября 2022 года № 8-ФКЗ «О принятии в Российскую Федерацию Херсонской области и образовании в составе Российской Федерации нового субъекта – Херсонской области» и статьями 1, 2 Федерального закона от 3 апреля 2023 года N 88-ФЗ "О создании судов Российской Федерации на территории Херсонской области и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации", для осуществления правосудия на Херсонской территории области созданы суды Российской Федерации.

19 сентября 2023 года постановлением Пленума Верховного Суда РФ от 19.09.2023 № 32 «О дне начала деятельности федеральных судов на территории Херсонской области», днем начала деятельности Херсонского гарнизонного военного суда считать 21 сентября 2023 года.

В соответствии с Постановлением Верховного Суда Российской Федерации от 21 декабря 2023 года «О некоторых вопросах организации и деятельности военных судов Российской Федерации на территориях Донецкой Народной Республики, Луганской Народной Республики, Запорожской и Херсонской областей, дела, подведомственные окружным (флотским) военным судам, передаются Южному окружному военному суду.

Указом Президента Российской Федерации от 13 июля 2023 года № 515 председателем Херсонского гарнизонного военного суда назначен Мишин Виктор Вадимович.

Херсонский гарнизонный военный суд относится к подведомственности Южного окружного военного суда.